Certo, comunque credo che il tuo problema sia "client-side", se sei infatti riuscito a produrre output di dati pescati da database, qualcosa lo dovrai pur sapere server-side.

Molto semplicemente, facciamo finta che ti trovi in questa situazione:

codice:
<table>
  <tr>
    <th>Nome</th><th>Cognome</th><th>Numero di telefono</th>
  </tr>
  <tr>
    <td>John</td><td>Doe</td><td>+1 212 555 5555</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>John</td><td>Doe</td><td>+1 212 555 5555</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>John</td><td>Doe</td><td>+1 212 555 5555</td>
  </tr>
</table>
<button onclick="window.open('pagina_inserimento.jsp','popup','width=600,height=600');">Nuovo Contatto</button>
dovrai scrivere pagina_inserimento.jsp che conterrà un form
codice:
<form name="formInserimento" action="pagina_inserimento.jsp" method="post">
  Nome: <input type="text" name="nome" />

  Cognome: <input type="text" name="congome" />

  Telefono: <input type="text" name="telefono" />

  <input type="submit" value="Salva Contatto" />
</form>
Piu "su" nella JSP avrai il codice server-side per recuperare i dati, in definitiva
codice:
<%@page contentType="text/html" pageEncoding="UTF-8"%>
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN"
   "http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd">

<html>
    <head>
        <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
        <title>JSP Page</title>
    </head>    
    <body>
        <%
      String nome = request.getParameter("nome");
      String cognome = request.getParameter("cognome");
      
      if (nome != null && cognome != null) {
          out.println("Fatto");
      }
      else {
    %>
        <form name="mioForm" action="header.jsp" method="post">
            Nome: <input type="text" name="nome" />

            Cognome: <input type="text" name="cognome" />

            <input type="submit" value="Salva Contatto" />
        </form>
        <% } %>
    </body>
</html>
Al posto di "fatto" farai l'inserimento a database e metterai un link per chiudere la popup e fare il refresh della pagina madre... insomma, era più da javascript che da jsp