Ho anche io lo stesso problema (solo con IE accade).

Come risolverlo?

Codice PHP:
/* PAGINA 1 */

if (!isset($_SESSION)) {
  
session_name('xxx');
  
session_start();
}

if ( !isset(
$_SESSION['Username']) ) {
  
header("location: login.php?manca_utente_connesso");
}

[...]

window.open(... pagina2 ...) // Javascript 


Codice PHP:
/* PAGINA 2 */

if (!isset($_SESSION)) {
  
session_name('xxx');
  
session_start();
}

if ( !isset(
$_SESSION['Username']) ) {
  
header("location: login.php?manca_utente_connesso");
}

[...]

// operazioni sulla popup che caricano dati sull'opener tramite javascript window.opener.... 
Sulla chiusura della popup perdo tutte le variabili di sessione ed ovviamente vado al login.

La cosa strana è che ciò non accade con Firefox e Opera.