Su MSDN (ma non solo) trovi molti articoli sull'automazione COM con MFC (C++), per esempio How to use MFC to automate Excel and create and format a new workbook. Ovviamente dovrai fare riferimento alla documentazione ufficiale per scoprire quali metodi usare per leggere/scrivere file Excel. In C le cose diventano ancora più complicate...

NB. Ti ricordo che un programma basato sull'Office Automation *richiede* la presenza di Excel per funzionare.