Aggiornamento.
Sul pc ho due dischi...nell'altro (quello che non presenta problemi ora) avevo una vecchia installazione di XP mai elimintata e che (pensavo) non funzionasse. Provando a fare il boot da quel disco Windows parte e l'altro disco, quello che non boota, si vede correttamente insieme a tutti i suoi file.
Tra l'altro accedendo a Win sono anche riuscito a ripristinare il boot sector del disco che non parte utilizzando questo (http://www.cgsecurity.org/wiki/TestDisk) tool molto simpatico. Sui dischi NTFS esiste una copia del boot sector in modo da ripristinarlo nel caso quello utilizzato normalmente si corrompa. NOnostante questo il disco continua a non bootare. A questo punto sospetto quelche problema sui file di sistema di Windows...proverò con la console di ripristino del cd di installazione