Ma con C si possono realizzare Applicazioni Windows con interfaccia grafica(come con Vb.net) o soltanto appliccazione per Prompt Dos?
Se consideri che buona parte delle applicazioni più importanti (Microsoft Office, Photoshop, Nero, Visual Studio, Windows stesso) sono sviluppate in C/C++ puoi risponderti da solo..

Il C è un linguaggio molto low-level quindi non aspettarti tutte le comodità del VB.NET, tante cose dovrai svilupparle "a mano" o appoggiandoti ad una particolare libreria.