Ti rispondo come la vedo io, la cosa è interessantissima, e a mio avviso puoi seguire 2 strade:

1) La più semplice se conosci già php. Php ha una funzione che si chiama exec() che in preatica esegue un programma, un'istruzione in dos etc... quindi, potresti appunto creare un'interazione visiva in html che esegue delle operazioni tramite dos, per velocizzare tutto potresti usare ajax in modo da non ricaricare la pagina ogni qualvolta esegui un comando.

2) La più interessante, soprattutto perchè mi viene una voglia incredibile di mettere le mani su questa documentazione e iniziare a far qualcosa. La soluzione che ti propongo è quella di studiare e imparare XUL. XUL (XML User Interface Language) è un linguaggio creato da Mozilla corporation usata per fare anche Firefox. E' cross platform, quindi va su ogni OS, e ha davvero una miriade di vantaggi.

Valuta bene, perchè la trovo un'ottima idea...