E' probabile che sia partito il mbr (master boot record), in cui sono memorizzate le tabelle delle partizioni e tutte le informazioni relativo all'avvio del sistema... però se così fosse non dovrebbe dare problemi a caricare un cd! Se ad esempio metti un cd di windows o linux all'avvio questo dovrebbe partire!!!! Ma dal bios hai impostato correttamente l'avvio da cd??? Guarda bene che deve essere la prima opzione tra quelle disponibili!!! Ad esempio:

1 cd/dvd
2 hard disk
3 floppy
4 altro...

e inserire poi il cd di installazione di un SO...