grazie mille per la risposta, in effetti mi sto orientando sul fatto di chiamare una pagina php dal WebServer al MediaServer affinchè quest'ultima attivi la transcodifica, forse è la via più semplice rispetto a passare dalla shell.

Ottima anche la seconda soluzione. Faccio preparare uno scritp che controlla ciclicamente il contenuto di una detta cartella ed esegue la codifica di tutti i files che trova.
grazie mille