Grazie mille! Ho capito il problema!
forse se postavo il codice si sarebbe capito subito.
In pratica ho parametrizzato la url dell'include

codice:
<? include($root."/header.php"); ?>
dove $root è una variabile in un file di config.
L'errore è subdolo perchè il contenuto della pagina viene visualizzato correttamente!

Il problema però rimane perchè io ho necessità di sapere dinamicamente quale sia la root del server, perchè non so dove dovrò andare a pubblicare il sito, ora è in "http://localhost", ma si capisce che non sarà sempre questa la root.

E' possibile quindi parametrizzare la url?