Perché non usi una URL relativa???
Del tipo

Codice PHP:
<?php
// URL => h ttp://www.miosito.tld/header.php

include("header.php"); 

?>
Teoricamente sarebbe meglio usare una URL assoluta, ma funziona lo stesso.
Peraltro, se proprio vuoi usare il percorso assoluto, puoi usare $_SERVER['PHP_SELF'].