Perché non usi una URL relativa???
I path relativi negli include sono molto pericolosi, sopratutto quando ci sono sotto inclusioni.
Utilizzare un codice come questo rende le inclusioni portabili e non interpretabili (es. a causa dell'include_path):

Codice PHP:
include(dirname(__FILE__) . '/header.php'); 
Peraltro, se proprio vuoi usare il percorso assoluto, puoi usare $_SERVER['PHP_SELF'].
$_SERVER['PHP_SELF'] si riferisce al nome dello script richiamato dal client. Se il client richiama un URL in una directory different, gli include basati su di esso non funzioneranno correttamente.