Per prima cosa ti suggerisco di non utilizzare lo short_open_tag (<?) e di sostituirlo con l'open tag completo (<?php).

come faccio a far richiamare i plugin di flash quando è un file swf ?
In pseudo codice potrebbe essere una cosa tipo:

Se l'estensione del file è .swf allora
--Stampa il codice HTML per visualizzare un SWF.
Altrimenti
--Stampa il codice HTML per visualizzare una immagine.
Fine Se