1. sai indicarmi il miglior libro di php5 in lingua italiana in circolazione?(possibilmente che non sia di sola teoria ma che presenti esempi pratici)
Su questo fronte non posso aiutarti, l'ultimo libro sul PHP che ho comprato è del 2001.

2. mi domando: tutti i cms quali ad esempio oscommerce, joomla etc che credo sono sviluppati in php 4 che fine faranno?..o meglio, in che tempi si avranno le nuove rispettive versioni in php5?
In linea di massima c'è una buona compatibilità all'indietro. Se l'applicativo è stato sviluppato seguendo le linee guida del PHP, non ci saranno problemi.

Se, per contro, utilizzano register_globals a manetta etc., ci sarà molto lavoro da fare per renderli compatibili con le nuove versioni, sopratutto per quanto riguarda tutte quelle configurazioni che sono cambiate nel tempo (es. per motivi di sicurezza).