Manca la parentesi graffa aperta dopo la if e la parentesi graffa chiusa dopo la echo.
Se non vengono messe le parentesi viene eseguita solo l'istruzione subito successiva alla if in caso si verifichi la condizione e poi il flusso del programma prosegue sempre con l'istruzione successiva.

$list=glob("upload/*.*");
sort($list);
echo "Filtro php per sole immagini jpg, non case sensitive e senza percorso (basename)";
foreach ($list as $file){
if (strtolower(substr(basename($file),-3)) =='jpg'){ // se le ultime 3 lettere del file sono jpg
$basef=basename("$file");
// echo "[*]<a href=\"/$file\">$file</a>";
echo "[*]<a href=\"/$file\">$basef</a>";
} // fine if
} // fine foreach

Grazie per avermi fatto scoprire la funzione glob!!