L'aspetto grafico viene modificato perché alcuni doctype interpretano o meno certi tag, quindi possono restituire visualizzazioni diverse. Per esempio tra XHTML Transitional e Strict cambiano i margini degli oggetti perché in Strict i bordi vengono interpretati solamente tramite CSS e non tramite codice.
Per quanto riguarda il JS, il codice è in un file incluso o dentro la pagina stessa???