E` un argomento affrontato piu` volte in passato in questo forum. Ti consiglio pertanto di fare una ricerca nel forum (bottone in alto).

Ti premetto che e` possibile realizzare dei CGI in C.
Ma anche la chiamata da PHP ad un programma C non la vedo cosi` male: ci perdi solo un po' di tempo e di potenza del server, per cui devi valutare se sono variabili importanti nella tua situazione o sono trascurabili. Sicuramente il C e` piu` performante (e` compilato, non interpretato), ma se la cosa succede una volta all'ora puo` essere trascurabile; se invece prevedi varie interazioni al minuto, forse la cosa diventa fondamentale per la buona salute del server.