Bean contiene un array di Bean2, quindi nel momento in cui richiami il metodo bean.getSecondoBean(), avrai un array di bean2 e non una semplice istanza dello stesso.
Per ottenere tutti i valori di tutti i Bean2 devi ciclare sull'array (come immagino fai anche per per Bean):

codice:
for(int x = 0; x < Bean[i].getSecondoBean().lenght; x++){
  Bean2 b2 = Bean[i].getSecondoBean()[x];
  b2.getStringa();
  b2.getString2();
}
Spero che la sintassi sia corretta e che sia stato chiaro.