Se il nome della directory rispetta sempre la stessa struttura, puoi provare con
codice:
DATA=`date '+%Y%d%m.%H%M%S'`; for DIR in Versione??; do mv ${DIR} Versione${DATA}.Old; done
Ovviamente puoi variare l'espressione regolare nel for dello script con una che filtri solo le directory che ti interessano.