$arrayNC=array();
$nomeCognome=explode(",",$line);
$arrayNC[$nomeCognome[0]]=$nomeCognome[1];


Secondo me ti conviene fare una matrice.

$arrayNC=array();

$arrayNC['nomi']=array();

$arrayNC['cognomi']=array();

$fp = fopen($filename, "r");
while ($line = fgets($fp))
{
$fields_contents = str_replace("\r", "", $line);
$fields = explode(",", $fields_contents);
array_push($arrayNC['nomi'], $fields[0]);
array_push($arrayNC['cognomi'], $fields[1]);
}