con window.setInterval definisci che una certa funzione viene richiamata ogni tot millisecondi

Poi in quella funzione ci metti il codice ajax e il popup.

Tutto questo supponendo che conosci gia' ajax altrimenti devi leggerti un po' di guide

la sintassi di setinterval e' questa

setInterval("funzione()",1000)

cioe' ogni 1000 millisecondi richiama funzione() (nota i doppi apici)

Ciao