come faccio da un programma in Vc++ a dire al compilatore di acquisire l'immagine dallo scanner
Devi scegliere una tecnologia di acquisizione compatibile con il tuo scanner: Twain, WIA, ...

una volta importata l'immagine in qualche modo dallo scanner come faccio a fargli elaborare l'immagine per fare il modo che il programma vada a vedere se un quadratino sia stato annerito
Se non vuoi scrivere molto codice puoi usare una delle tante librerie per l'image processing, tipo cxImage, FreeImage o CImg.