Originariamente inviato da gaaraM83
Devo leggere un file creato con un editor esadecimale per inviare poi tramite seriale i dati alla eeprom.
Da quello che stai dicendo se ne deduce che il file è "binario", ovvero non devi trattare i byte contenuti come caratteri codificati in un qualche charset.

Pertanto usare le classi di I/O orientate ai caratteri (e specificando magari un charset), non è il modo appropriato per leggere i dati binari.

Vanno usate le classi di I/O orientate ai byte, cioè quelle che derivano da InputStream. Se è un file, basta quindi FileInputStream (e se vuoi bufferizzare, anche BufferedInputStream). Il nocciolo della questione è che devi leggere dei byte, a singoli byte per volta o a blocchi di N byte.