comunque ho risolto immediatamente.

removechild() effettivamente rimuove solo un'elemento figlio(come dice il nome), non rimuove un discendente!

Il problema, anche abbastanza banale ad una seconda analisi, è stato aggirato molto semplicemente in questa maniera

Codice PHP:
$node->parentNode->removeChild($node); 
E ora non sembra dare alcun problema.

grazie mille