Un JS di quel tipo non e` invasivo: chi non lo ha, vede solo un po` di scombinamento nei browser IE (tra l'altro dipende da quale tipo di commento condizionale si usa).

Ma ancora ho dubbi sulla DTD.
In IE6 la DTD viene intrerpretata correttamente solo se e` inserita nella prima riga del file (quindi niente commenti o prologhi XML prima del DOCTYPE).

PS: non avevi scritto di usare XHTML Strict (almeno io no lo ho trovato), e il comportamento descritto e` quello di IE6 in quiks mode.