Fatti la stampa di $lettera e delle query.

cmq io farei così:

<form name="letter" method="post" action="CollegamentiFTP.php">
<input type="hidden" name="lettera" value="">
</form>

<button class="lettere2" type="button" name="a" value="A" onclick="letter.lettera.value='a'; letter.submit()" >A</button>
.....
//
.....
<button class="lettere2" type="button" name="z" value="Z"
onclick="letter.lettera.value='z'; letter.submit()" >Z</button>

<button class="lettere2" type="button" name="tutti" value="All"
onclick="letter.lettera.value='All'; letter.submit()" >Tutti</button>