Dovresti gestire il disco esterno come NAS, in modo che possa essere raggiungibile a prescindere da quale pc sia acceso, e senza spostare il disco (fare un backup e rischiare di farlo cadere nello spostarlo è assurdo).

Su questo disco creare una cartella per ogni PC.

Poi installare su ogni pc un software di backup tipo Cobian Backup o SyncBack. Sono software che aggiornano il backup copiando solo i file modificati.