I problemi di usare js sono i soliti: potrebbe essere disabilitato sull'utente, necessita' di scrivere codice cross-browser etc...

Non ho obiezioni al tuo punto 2.

Per quanto riguarda il punto 1 direi che con le librerie php la qualita' dei grafici ottenuti e' assolutamente indiscutibile. Inoltre c'e' sempre la possibilita' di creare grafici a mano per ottenere tutto cio' che si vuole. Tali librerie infatti supportanto anche effetti quali antialias e trasparenze.

Purtroppo e perfortuna il risultato e' un file raster (jpg o png). Sicuramente ottimo dal punto di vista della compatibilta' e non particolarmente pesante se visto che i grafici usano pochi colori.

Pero' coi difetti delle immagini in generale di non essere ad esempio adattabili alle dimensioni della pagina o zoomabile (anche se magari con ajax si potrebbe ovviare...)

per il resto vedi tu, sono comunque scelte personali