Guarda, non ho letto tutto il codice, ma mi pare di capire che il problema sia PHP e non javascript.

Ad ogni modo, prima di farti spostare il thread ti spiego cosa fa il mio script:

in pratica lo script clona la tua riga (salvo prima svuotarla in caso fosse gia stata compilata).

Pero' cambia automaticamente i nomi ai campi, per non avere nomi uguali

quindi avrai nella prima riga:

campo_uno campo_due campo_tre

mentre nella seconda si chiameranno

campo_uno1 campo_due1 campo_tre1

eccetera.

Per cui PHP dovra' controllare che esistano questi nuovi campi. Ad esempio con un while

Cosa che - mi pare - non hai implementato.

Se e' questo il problema allora devi chiedere nel forum PHP