Se per variabili intendi
menuClassName = "menuNavigazione";

nei due file le variabili erano questa e
menuClassName = "menuNavigazioned";

Il punto è che caricando i due file separatamente il singolo menu funziona bene. Il problema sorge quando li carico nella stessa pagina per far funzionare contemporaneamente i menu, per cui il secondo javascript caricato mi annulla il primo e funziona solo un menu.
Quello che vorrei è caricare entrambi i file senza che si annullino a vicenda, o modificare il js in modo che faccia funzionare entrambe le variabili.

Spero di essere riuscito a spiegarmi meglio.

Grazie.