Il problema non è il linguaggio che usi per interfacciarti con MySQL: potrebbe essere Java, C#, C++, PHP, ASP...quello che vuoi; il problema è nel motore del DBMS stesso; InnoDB "fa parte" di MySQL, quindi va attivata direttamente sul DBMS; sicuramente se provi a fare un export del DB ti accorgerai di una cosa del genere:

codice:
CREATE TABLE `my_table` (
  ...
  ...
) ENGINE=MyISAM DEFAULT CHARSET=latin1;
E' la prima volta che sono di fronte a questo problema, ma credo che sostituendo MyISAM con InnoDB il tutto dovrebbe andare...credo si possa fare anche con PhpMyAdmin...