Prova a spiegare un po' meglio la cosa...

Cosa vuol dire "i client si connettono al server per navigare in internet" ? hai installato anche ISA Server ? Sei sicuro che magari non sia un problema di configurazione di ISA Server ?

Il servizio FTP non è installato di default (anche se IIS lo è); sei sicuro che sia installato, configurato e funzionante ? Sei non sei mai riuscito a collegarti come fai ad essere sicuro che "va senza nessun problema" ?

Dove sono questi client che provano a collegarsi: sono sulla stessa rete LAN in cui si trova il server (e quindi non c'è alcun router) ?