Se il disco non è formattato in NTFS non sono disponibili le ACL sulle cartelle e sui file. Comunque anche se tu potessi impostare la protezione NTFS (convertendo prima la partizione in NTFS) non servirebbe a niente, visto che l'amministratore di qualunque PC a cui il disco venisse collegato avrebbe i permessi per fare quello che vuole con i tuoi file. Per evitare che qualcuno legga i tuoi file li puoi sempre mettere in un archivio zip protetto da password, ma non potrai comunque impedire in alcun modo che qualcuno lo cancelli.