Beh se i pulsanti li hai fatti tu potrebbe esserci qualche errore, ed a questo punto ti converrebbe postare il tuo materiale o almeno dire come li hai fatti. Se invece sono pulsanti "prefatti" cioè che hai solo il file swf... Si tratta di un problema non inerente all' uso di flash, ma legato al linguaggio della tua pagina.

Una domanda: Ma lo script "<script type='text/javascript'>animazione_flash('nomepulsante');", non lo chiudi con </script>?