Guarda.... il discorso è fattibilissimo, ma ci vuole una bella organizzazione dietro.

Non so se esista uno script preconfezionato, ma credo ti basti strutturare un DB con carta e penna, vedere quante tabelle ti servono e come collegarle tra loro.
Nella sezione GUIDE trovi una guida pratica PHP/MySQL dove ti viene spiegato come strutturare un DB (ok, semplice - ma ti aiuta a capire il metodo) e le query per interagirci da script.

Per l'estrapolazione dei dati, poi, non capisco perché ti vuoi affidare a Excel quando il DB può fare tutto il lavoro sporco per te e poi con PHP puoi anche creare al volo documenti Excel.