Porongo, pensavo non ti chiamasse boot.php o ti eseguisse una sottoquery ricorsiva. La regola boot\.php - [L] voleva dire che quando l'URL contiene boot.php deve uscire senza fare niente. Sotto la riadatto in modo da uscire quando c'è applications/test_app/views nell'URL (adattala secondo le tue esigenze).

codice:
RewriteRule  applications/test_app/views  -  [L]
RewriteRule  ^immagini/(.*)$  applications/test_app/views/immagini/$1 [L]
RewriteRule  ^js/(.*)$  applications/test_app/views/jscript/$1 [L]
RewriteRule  .*  boot.php  [L]
Ciò evita che nelle sottoquery riapplichi il dannato boot.php.