Originariamente inviato da Bukowski
...molte query che che richiedono a MySQL di leggere l'intera tabella oppure ci sono dei joins che non usano le chiavi correttamente.

Handler_read_rnd_next
...le tue tabelle non sono correttamente indicizzate, o che le query non sono state scritte per trarre vantaggi dagli indici che hai.

Ho controllato le mie query, soprattutto le join, e sono tutte correttamente indicizzate. Effettivamente quale potrebbe essere il problema?
Il fatto che hai creato gli indici e che siano correttamente impostati nelle query non significa automaticamente che poi possano essere usati dal motore: dipende da come sono impostate le query e che genere di ricerca gli fai fare.
Per fare un esempio: impiegare delle funzioni nella query (come sulle date od operazioni sulle stringhe) comporta una scansione della tabella riga per riga, vanificando così la presenza degli indici.