allora, quel codice ti stampa a cane gli indirizzi dei file, anche in modo errato visto che

C:\Programmi\Apache Software Foundation\Apache2.2\htdocs\sito\allegati/Comuni/Molfetta/molfetta.txt

è un errore.

leggiti le documentazioni su opendir, readdir, is_dir.
poi parti da una directory di default, nel tuo caso dovrebbe essere
C:\Programmi\Apache Software Foundation\Apache2.2\htdocs\sito\
o semplificati la vita lavorando con gli indirizzi relativi (leggiti anche questi)
per il menu, sarebbe da fare in js, se vuoi che cliccando sull'icona mostra il contenuto della sottocartella.