ricapitoliamo, forse ti stai confondendo tra le varie graffe
codice:
function ContoRov(secondi){
    if(secondi>=300){
      ...
    }
    else {
        if(confirm('Attenzione! Mancano 5 minuti!! Clicca su OK,\naltrimenti ANNULLA')){
          alert('azione su OK');
        }
        else {
          alert('azione su ANNULLA');
        }
    }
}