Non capisco due cose in questa funzione.
Lo script dove prende la variabile $themedir?
Ad ogni modo, prova a scrivere così:

Codice PHP:
include("$themedir/menu.template.php"); 
Un altra cosa.

Se vuoi crearti due funzioni una per gli header della pagina ed una per il menù, perché poi richiamarne una dentro l'altra??

Io ti consiglio di fare così:

Codice PHP:
// pagina menu.template.php

function TopHeader() {
    
// tutto il codice chedevi metterci
}

function 
Menu() {
    
// codice del menù

Nelle pagine che andrai a comporre richiami lo script delle funzioni e fai come segue:
Codice PHP:
// pagina xxx.php

// stampi gli header della pagina
TopHeader();


// stampi il menu della pagina
Menu(); 
Spero di essere stato chiaro.