partiamo dalla fine:
mark of the web
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms537628(VS.85).aspx
questo spinge IE ad applicare al documento le impostazioni di sicurezza online anche per documenti offline

i due script:
prima di verificare una sovrascrittura di variabili controlla gli onload,
anche i gestori evento si sovrascrivono,
se hai
window.onload=funzione1;
...
window.onload=funzione2;
solo funzione2 sara' richiamata

devi rimuovere il primo e modificare il secondo in modo che richiami entrambe le funzioni
window.onload=function(){funzione1();funzione2();}

al 99% e' questo il caso
ciao