Il fatto che voglia compiere un controllo di coerenza, non è un buon segno...
Prova ad avviare con il CD di Windows, ed accedi alla Console di Ripristino.
Quando ci sei, pigia 1 per entrare su C:\Windows e poi Invio se non hai impostato nessuna password per il profilo Administrator; dopodiché dai il comando chkdsk /f