STRUMENTI RAD
RAD = Rapid Application Development = Sviluppo Rapido di Applicazioni

C#/Java/Delphi consentono di sviluppare rapidamente delle applicazioni grazie a strumenti visuali ed ad una ricca libreria standard.

GENERAL-PURPOSE
Un linguaggio si dice general-purpose se è impiegabile per risolvere qualsiasi tipo di problema (o quasi). Per esempio difficilmente riuscirai a creare un gioco 3D o un'applicazione scientifica in Latex o in YACC, mentre puoi farlo tranquillamente in C/C++/Java/C#/etc.

la mia domanda è, come fa un programma ad usare database MYSQL
Il programmatore deve scrivere a mano un opportuno codice di interfacciamento al database o sfruttare i famigerati strumenti RAD.

nel senso, ci vorrà sempre un server virtuale come apache?
Per fare cosa? MySQL è un server database, per gestire i dati basta quello. Ovviamente esistono anche altri sistemi alternativi a MySQL: SQLite, MS SQL Server, Oracle, Firebird, ...

Comunque PRIMA devi concentrarti sullo studio del linguaggio POI potrai preoccuparti dell'interfaccia grafica, della gestione dei dati e di altri argomenti "avanzati".