$percorso = $_FILES['allegato']['tmp_name'];
$nome = $_FILES['allegato']['name'];
$upload_dir = "upload";

move_uploaded_file($percorso, $upload_dir."/".$nome)

dove $percorso è il percorso del file temporaneo caricato sul server, e $nome è il nome con il quale il file è salvato sul computer locale da cui è stato inviato.

Con move_uploaded_file() specifichi appunto di salvare il file nella cartella $upload_dir rinominandolo in $nome.