Potresti usare il Cobian Backup http://www.educ.umu.se/~cobian/cobianbackup.htm

Non farti ingannare dal nome, il backup è un trasferimento di file da un posto all'altro (in questo caso via FTP)
Se non sbaglio permette di creare dei task (in questo caso, appunto, il trasferimento via ftp) e poi di schedularli