Puoi utilizzare http://www.php.net/explode oppure una espressione regolare per dividere le varie parti numeriche e poi un ciclo per sommare tutte le parti con i relativi pesi (es. 60 per i minuti, 1 per i secondi, 0,001 per i millesimi), poi basta una sottrazione, moltiplichi per 1000 ed ottieni i millisecondi di differenza.