Tutto ciò che riguarda aspetto estetico è CSS. Posizionamenti, dimensioni, colori, sfondi, tutto quanto.

Quindi si, credo avrai più fortuna nella sezione CSS.

Ho dato un'occhiata sommaria all'html dell'homepage mi sembra fatto discretamente, anche se quel menu fatto con una tabella invece che con una lista mi ha fatto un po' inorridire

A mio avviso inoltre il tuo sito fa un utilizzo troppo massiccio di JS. Se lo visita un utente con JS disabilitato riesce a fruire di tutte le funzionalità essenziali?

Ciao