Verifica attentamente che negli include non ci siano non solo istruzioni echo, ma nemmeno righe vuote fuori da i tag php; tieni presente che può dare problemi anche solo un a capo in fondo al file:

?>[a capo]

quell' [a capo] NON ci deve assolutamente essere; altrimenti, puoi anche ovviare con un bell'

ob_start();

messo come prima riga dello script: ob_start avvia un buffer, che fa si che non venga inviato nulla al browser finché l'esecuzione dello script php non è finita.