Esiste un metodo specifico della classe JFrame che ti permette di impostare l'operazione da effettuare alla chiusura della finestra, ovvero al click sulla X.

codice:
setDefaultCloseOperation(javax.swing.WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
In questo modo al click sulla X verrà terminata l'applicazione, tu xò puoi scegliere altrimenti se fare il DISPOSE, l'HIDE, ecc.