1) Crei una tabella temporanea in cui memorizzi tutto


codice:
create temporary table temp (
select * from tabella)
2) La svuoti del contenuto

truncate tabella

3) La ripopoli
codice:
insert into tabella (qui elenchi tutti i tuoi campi separati da virgola tranne quello dell'id)
select qui elenchi tutti i tuoi campi separati da virgola tranne quello dell'id 
from temp
Fatti prima un backup per sicurezza.