Prima di tutto direi che stai usando una versione "vecchia" di phpmyadmin.... e questo e' il "bello" di easyphp.... (buttalo)

Poi direi ancora che il settaggio detto prima che fai con la query serve ad informare il server MySQL che il CLIENT MySQL, utilizzato da php, inviera' delle stringhe di comando e vorra' ricevere le risposte utilizzando "quel" determinato character set. Quindi si tratta di cosa usare nel dialogo visto dal client) e non di come deve essere settato il server mysql. Questo settaggio dura la sola istanza di connessione.

Quindi parecchio dipende dalle varie versioni dei componenti utilizzati. Php, mysql in primis. Ecco una delle ragioni per "buttare" easyphp appena appena inizi a gestire gli script. Se installi tu metti quello che vuoi tu e come pare a te. Con easyphp devi usare quello che vuole lui. Puoi anche modificare le versioni, ma sicuramente in modo piu' complesso di una installazione normale.